Για το Μεταπτυχιακό Δίπλωμα Ειδίκευσης το Πρόγραμμα περιλαμβάνει:
Α. Κατά τον πρώτο χρόνο:
α) Θεωρητικά μεταπτυχιακά μαθήματα συνολικής διάρκειας τουλάχιστον 200 ωρών.
β) Δύο προχωρημένες εργαστηριακές ασκήσεις διαρκείας 3 μηνών εκάστη, στα εργαστήρια των μελών του Προγράμματος και σε περιοχές εξειδίκευσης οι οποίες άπτονται της πρωτεϊνικής βιοτεχνολογίας.
γ) Αριθμό σεμιναρίων από προσκεκλημένους ομιλητές σε θέματα σχετικά με πρωτεϊνική βιοτεχνολογία.
Β. Κατά το δεύτερο χρόνο:
Eκπόνηση εργαστηριακής ερευνητικής εργασίας (Διπλωματική εργασία), 12μηνης τουλάχιστον διάρκειας σε ερευνητικό εργαστήριο σχετικό με το θέμα του Μεταπτυχιακού Προγράμματος και συγγραφή σχετικής Διατριβής.
